由国防科大开发的麒麟操作系统有很多，与国防科大混乱的 CPU 产品线一样，这些麒麟操作系统彼此之间技术延续性也有限，比较有名的是银河麒麟、优麒麟和中标麒麟操作系统。另外，华为准备推出的可能被用于手机或物联网的操作系统也被命名为麒麟。
麒麟是中国古代汉族神话传说中的传统祥兽，性情温和，传说寿命两余千年。“麒麟出没处，必有祥瑞”，本是一种吉祥的象征。用于操作系统的命名，不仅体现出了中国特色，还从侧面展现了国产操作系统的特性—-“它只是一个神话”。
银河麒麟
银河麒麟是国防科大、中软公司、联想公司、浪潮集团和民族恒星公司合作研制的开源操作系统。
银河麒麟系统操作系统借鉴了 Linux、FreeBSD、Mach 和 K42 等操作系统内核技术，兼顾宏内核和微内核结构的优点，自主设计了层次式内核结构，银河麒麟系统操作系统核外工具环境基于 Linux 开发，采用 XWindow 作为系统的基本图形环境，支持 Gnome 或 KDE 桌面环境，设计了 Windows 风格的桌面环境和控制面板。
银河麒麟曾经饱受非议的原因并不是因为基于 FreeBSD 进行修改——2006年的银河麒麟操作系统内核与 FreeBSD 在源代码上比较相似。事实上，FreeBSD 是完全免费开源的，FreeBSD 允许他人修改并使用其源代码，但必须声明是修改自 FreeBSD。而银河麒麟虽然声明过修改自 FreeBSD，但在最初却声称是自主知识产权，这显然是对 FreeBSD 的不尊重，也是在被国外程序员非议的地方。
那国防科大为何如此作为呢？用爆红网络的一句话就是“妥妥的体制问题”！妥妥的中国式山寨！
优麒麟
优麒麟是工信部、国防科大和 Ubuntu 系统开发商 Canonical 合作的产物。其实是 Ubuntu 系统的中文发行版，国防科大在其中添加了安全模块，另外小编是河南某专科院校的Linux社团社长，有幸参加了优麒麟15.10发布派对-郑州站的活动。除了美丽的星空桌面和现场派放的刻录光盘，并没有什么吸引我的地方，引用现场爆出的一句话：“你讲了这么多，我凭什么要用你的操作系统？”
中标麒麟
因2006年沸沸扬扬的银河麒麟抄袭事件导致银河麒麟名声扫地，出于未知的原因，国防科大逐渐放弃了 BSD 内核版的银河麒麟的继续开发与完善，转而研发 Linux 内核的麒麟（也有可能基于 BSD 的麒麟纯粹军用，不向民间推广了）。
虽然都叫麒麟，但是原来基于 BSD 内核修改的系统已经不再推广，麒麟系统3.0版之后开始使用 Linux 内核，天河1号上运行的很可能也是 Linux 内核的麒麟。
2010年，民用的中标 Linux 操作系统和国防科大研制的银河麒麟操作系统在上海正式宣布合并，双方今后将共同以“中标麒麟”的新品牌统一出现在市场上，并将开发军民两用的操作系统，平心而论，当初的基于 BSD 内核的银河麒麟被放弃着实令人惋惜，如果当时能顶住压力，继续完善开发麒麟系统，而不是朝秦暮楚的话，现在麒麟操作系统的自主化程度、安全可控程度和系统成熟水平可能会好得多。
中标麒麟有面向中标麒麟桌面操作系统、中标麒麟服务器操作系统、中标麒麟云操作系统等产品。能支持 x86、ARM、MIPS、Alpfa、Sparc，龙芯、申威、众志、飞腾等国产 CPU 均可运行中标麒麟操作系统，虽然中标麒麟操作系统软件生态贫乏，但已能基本满足上网、影音、办公需求，虽然在民用市场毫无竞争力，但在党政军市场已得到一定程度的推广和应用。
为什么那么多麒麟？
自斯诺登事件曝光以后，信息安全已被我国提升至国家战略目标，开发应用安全稳定的操作系统成为国家迫在眉睫的计划，开源软件，顾名思义，该软件源代码是开放的，该软件也是免费使用的，而且你还可以基于开源软件进行修改。比如 Linux，是全世界程序员共同维护的，在遵守协议的前提下，中国人可以免费获得源代码和使用或修改 Linux。
至于 Linux 是否安全可控，虽然 linus torvalds 表示曾经有西方情报部门要求往 Linux 里面加一点东西，但 Linux 的1500万行代码都是开源的，如果只是给 Linux 换层皮，穿马甲，不对内核进行修改、加固，那显然是无法保证安全可控的。但只要自己技术过硬，仔细审核源代码，完全可以将自己认为有问题的代码替换掉，对系统内核进行修改，添加内核安全模块，就能保障安全可控。
国产操作系统的研发单位工作重点不是给 Linux 换皮、穿马甲，而是加强对开源代码的审核力度，发现可能存在的漏洞和风险，对内核进行修改和加固。
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