导读 打开Windows,首先看到的是桌面;不爱整理文件的我,桌面的东西已经多到需要2个屏幕才能显示的完。另外一个常用的就是我的电脑,然后打开D盘,依次点开对应的文件夹,然后点开文件。

Linux的文件系统组织方式与Windows略有不同,登录进去就是家目录,可视为Windows下的桌面。在这个目录下,我们可以新建文件、新建文件夹,就像在桌面上的操作一样。
注:
这里我们假设所有用到的文件和文件夹都放置于家目录下
Linux的家目录严格来说可能类似于Windows下的C:\Users\ct
如果想查看当前目录下都有什么内容,输入命令 ls,回车即可 (ls可以理解为单词list的缩写)。当前目录下什么也没有,所以没有任何输出。

ct@ehbio:~$ ls

如果错把l看成了i,输入了is,则会出现下面的提示未找到命令。如果输入的是Linux基本命令,出现这个提示,基本可以判定是命令输入错了,瞪大眼睛仔细看就是了。 在敲完命令回车后,注意查看终端的输出,以判断是否有问题。

ct@ehbio:~$ is
-bash: is: 未找到命令
# 大小写敏感
ct@ehbio:~$ lS
-bash: lS: 未找到命令

当前目录下只有一个文件,看不出效果,我们可以新建几个文件和文件夹,来查看下。
mkdir是新建一个目录 (make a directory);data是目录的名字。 如果目录存在,则会出现提示,”无法创建已存在的目录”。这时可以使用参数-p忽略这个错误。

ct@ehbio:~$ mkdir data
ct@ehbio:~$ mkdir ls
data
ct@ehbio:~$ mkdir data
mkdir: 无法创建目录"data" : 文件已存在
ct@ehbio:~$ mkdir -p data

cat是一个命令,主要用来查看文件;在这与< ct@ehbio:~$ mkdir data ct@ehbio:~$ cat < a > bc > END a bc `>`是一个重定向符号,即把前面命令的输出写入到`>`后面的文件中。如下所示,新建了一个`Fasta`格式的文件。 `ls -l`列出文件的详细信息;`-l`表示命令行参数,是程序预留的一些选项,保证在不更改程序的情况下获得更灵活的操作。可使用`man ls`查看`ls`所有的命令行参数, 上下箭头翻页,按`q`退出查看。(man: manual, 手册)

```bash
ct@ehbio:~$ cat < data/test.fa
> >SOX2
> ACGTCGGCGGAGGGTGGSCGGGGGGGGAGAGGT
> ACGATGAGGAGTAGGAGAGAGGAGG
> >OCT4
> ACGTAGGATGGAGGAGAGGGAGGGGGGAGGAGAGGAA
> AGAGTAGAGAGA
> >NANOG
> ACGATGCGATGCAGCGTTTTTTTTTGGTTGGATCT
> CAGGTAGGAGCGAGGAGGCAGCGGCGGATGCAGGCA
> ACGGTAGCGAGTC
> >mYC HAHA
> ACGGAGCGAGCTAGTGCAGCGAGGAGCTGAGTCGAGC
> CAGGACAGGAGCTA
> end
> END
## 注意命令和参数之间的空格
ct@ehbio:~/data$ ls-l
-bash: ls-l: 未找到命令
ct@ehbio:~$ ls -l
总用量 4
## d: dir; 表示data是个目录
## rwx:表示目录的权限,暂时忽略,或自己在线搜索
drwxrwxr-x 2 ct ct 4096 6月   8 14:52 data
ct@ehbio:~$ ls -l data
总用量 4
## 开头的`-`表示test.fa是个文件
-rw-rw-r-- 1 ct ct 284 6月   8 14:48 test.fa

查看写入的文件的内容,cat 文件名;需要注意的是文件所在的目录,默认是当前目录;如下面第一个命令,会提示cat: test.fa: 没有那个文件或目录,是因为当前目录下不存在文件test.fa。(注意文件末尾的end)

ct@ehbio:~$ cat test.fa
cat: test.fa: 没有那个文件或目录
ct@ehbio:~$ cat data/test.fa 
>SOX2
ACGTCGGCGGAGGGTGGSCGGGGGGGGAGAGGT
ACGATGAGGAGTAGGAGAGAGGAGG
>OCT4
ACGTAGGATGGAGGAGAGGGAGGGGGGAGGAGAGGAA
AGAGTAGAGAGA
>NANOG
ACGATGCGATGCAGCGTTTTTTTTTGGTTGGATCT
CAGGTAGGAGCGAGGAGGCAGCGGCGGATGCAGGCA
ACGGTAGCGAGTC
>mYC HAHA
ACGGAGCGAGCTAGTGCAGCGAGGAGCTGAGTCGAGC
CAGGACAGGAGCTA
end

test.fa在目录data下,可以先进入data目录,然后再查看文件。类比于Windows下先点开一个文件夹,再点开下面的文件。

cd (change dir)切换目录。

head查看文件最开始的几行,默认为10行,可使用-n 6指定查看前6行。

ct@ehbio:~$ cd data
ct@ehbio:~/data$ head -n 6 test.fa 
>SOX2
ACGTCGGCGGAGGGTGGSCGGGGGGGGAGAGGT
ACGATGAGGAGTAGGAGAGAGGAGG
>OCT4
ACGTAGGATGGAGGAGAGGGAGGGGGGAGGAGAGGAA
AGAGTAGAGAGA

另外less和more也可以用来查看文件,尤其是文件内容特别多的时候。

ct@ehbio:~/data$ less test.fa 
# q: 退出
# 上下箭头、空格翻页

原文来自:http://blog.genesino.com/2017/06/bash1/#%E5%91%BD%E4%BB%A4%E8%BF%90%E8%A1%8C%E7%9B%91%E6%B5%8B

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